Fundado en 1940 bajo el nombre de CD Once Diablos, sus mayores logros llegaron una década más tarde: el CD San Fernando compitió diez temporadas consecutivas (1954-64) en el Grupo Sur de Segunda División.

Su mayor éxito en la Copa del Rey se produjo en la temporada 1978-79. Fue eliminado por el Valencia CF por un global de 4-2 en dieciseisavos de final después de lograr una histórica victoria en la ida en el Marqués de Varela (1-0). Un año más tarde, los isleños debutan en la recién inaugurada Segunda División B, donde ha militado durante 15 temporadas. En 2009, la entidad se vio abocada a cambiar su denominación. Tras su último ascenso en 2016, el San Fernando CD acumula seis temporadas consecutivas en el tercer escalón del fútbol español.

En noviembre de 2020 finaliza su conversión a Sociedad Anónima Deportiva. El paquete mayoritario de acciones es propiedad de MYM Investments. Louis Kinziger es el actual presidente de la entidad desde junio de 2021.

El club cuenta en sus vitrinas con tres campeonatos de Tercera División, logrados en las temporadas 1978-79, 1995-96 y 2007-08.